27 августа 1932 года на землях государственного лугового фонда был организован совхоз "Красная Пойма", объединивший земли совхоза "Дединово", "Астапово" и хутора "Красный". Длительное время хозяйство входило в состав Московского молокоовощетреста молокообъединения Наркомзема РСФСР. К началу Великой Отечественной войны на площади 4354 га сформировался крупный животноводческий совхоз, который специализировался на производстве и сдаче государству молока, мяса, продаже племенного молодняка. Совхоз имел 1235 га пашни, 2783 головы крупного рогатого скота, из них 1231 корову, машинотракторный парк, состоящий из 17 тракторов и 9 грузовых автомобилей. Производство молока в те годы составляло 4087 тонн, при продуктивности скота-3651 кг, и мяса 140 тонн. В совхозе работало 370 человек. Дальнейшему развитию хозяйства помешала Великая Отечественная война. В 1941 году весь скот был эвакуирован в северо-восточные районы Московской области, но менее чем через год совхоз начал комплектовать молочное стадо и довоенного уровня производства молока достиг к 1952 году-4280 тонн, мяса-105 тонн.
    Весной 1958 года совхоз был укрупнен за счет земель соседних четырех колхозов: селений Луховицы, Подлесной Слободы, Аксенова, Двуглинково, Горетово и Дединово. В результате объединения земельный фонд возрос с 4354 га до 10015 га, в том числе пашня с 1235 га до 4430 га, поголовье скота увеличилось до 3974 головы, в том числе коров с 1209 голов до 1720 голов.
    В середине 1965 года совхоз "Красная Пойма", ранее входивший в подчинение Коломенского межрайонного управления сельского хозяйства, был передан в подчинение Управлению государственных племенных заводов Министерства сельского хозяйства CCCР.
    В апреле 1969 года в целях рационального использования земельных угодий совхоз был разукрупнен. Два отделения - "Аксеново" и "Луховицы"- вошли во вновь организованный совхоз "Луховицкий".
    В 1972 году приказом Министра сельского хозяйства СССР № 209 от 13 июля совхоз "Красная Пойма" был переведен во ВНИИ кормов им. Вильямса. На базе совхоза организовано ОПХ "Красная Пойма".
    К 1982 году ОПХ "Красная Пойма" имело 5535 голов крупного рогатого скота, из них 2507 коров, машинотракторный парк, в составе которого находилось 160 тракторов и свыше 100 автомашин.   Производство молока достигло 8844 тонны, при продуктивности коров 3677 кг, мяса 692 тонны, овощей 15416 тонн. В 80-е годы ОПХ "Красная Пойма" являлось участником ВДНХ СССР, и было награждено Дипломом 2-ой степени. С 1980-1987 годы хозяйство ежегодно побеждало во Всесоюзном социалистическом соревновании и награждалось переходящим Красным знаменем ЦК КПСС, Совета Министров СССР, ВЦСПС и ЦК ВЛКСМ. В эти годы велось активное создание инфраструктуры поселка Красная пойма. Уделялось большое внимание строительству жилья: с 1979-1989 годы введено в строй пять 60-квартирных домов и два 48-квартирных дома. Построен Дом культуры на 400 мест с библиотекой, читальным залом, спортзалом, два магазина, детский комбинат на 90 детей, административное здание сельского Совета, селекционный корпус (ныне здание Администрации хозяйства), животноводческие помещения на 5000 голов КРС. С 1987 года по 2000год построено профессиональное техническое училище (ныне Государственный профессиональный лицей) на 720 мест, средняя школа на1176 мест, 60-квартирный дом. Вводятся в строй мясоперерабатывающий цех, линия по производству концентрированных кормов, проводится реконструкция животноводческих помещений и замена устаревшего доильного оборудования на современное шведской фирмы "Альфа де Лаваль".
    В 2000 году в состав ГУП ПНО "Пойма" (ГУП ПНО "ПОЙМА" зарегистрировано в 1998 году, ранее ОПХ "Красная Пойма", ПНО "Пойма") с целью сохранения научного потенциала, освоения научных достижений в кормопроизводстве на пойме и дальнейшего развития науки, вошла Дединовская опытная станция по пойменному луговодству. С 1 декабря 2010 года ГУП ПНО "Пойма" переименовано в ФГУП "Пойма" Россельхозакадемии.
    В соответствии с Федеральным законом от 27 сентября 2013 г.№ 253-ФЗ « О Российской академии наук, реорганизации государственных академий наук и внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации» и распоряжением Правительства Российской Федерации от 30 декабря 2013 г.№ 2591-р Предприятие передано в ведение Федерального агентства научных организаций и переименовано в ФГУП "ПОЙМА".
    В соответствии с указом Президента Российской Федерации от 15 мая 2018 года № 215 «О структуре федеральных органов исполнительной власти» и распоряжением правительства Российской Федерации от 27 июня 2018 года №1293-р. Предприятие было передано в ведение министерства науки и высшего образования Российской Федерации.
С 8 октября 2021 года Прекращение деятельности юридического лица путем реорганизации в форме преобразования. 7 июня 2022 года завершилась реорганизация и предприятие переименовано в Племенной завод «Пойма»–филиал Федерального государственного бюджетного научного учреждения «Федеральный научный центр кормопроизводства и агроэкологии имени В.Р. Вильямса»